ПРИКАСПИЙСКИЙ ЖУРНАЛ
УПРАВЛЕНИЕ И ВЫСОКИЕ ТЕХНОЛОГИИ
Алгоритм определения активных центров межмолекулярного взаимодействия
 |
Читать | Жарких Л. И., Ажмухамедов И. М. Алгоритм определения активных центров межмолекулярного взаимодействия // Прикаспийский журнал: управление и высокие технологии. — 2018. — №1. — Стр. 144-151. |
/144-151.jpg)
Жарких Л. И. - кандидат технических наук, доцент, Астраханский государственный университет, 414056, Российская Федерация, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, lesy_g@mail.ru
Ажмухамедов И. М. - доктор технических наук, доцент, Астраханский государственный университет, 414056, Российская Федерация, г. Астрахань, ул. Татищева, 20а, iskander_agm@mail.ru
В работе предложен алгоритм моделирования процесса межмолекулярного взаимодействия двух молекул для выявления активных центров, участвующих в образовании молекулярных комплексов. Использование предложенного в работе алгоритма позволяет находить активные центры межмолекулярного взаимодействия. Полученные при этом результаты могут накапливаться в специальных базах данных, что в дальнейшем позволит облегчить решение задачи поиска веществ, с помощью которых при необходимости могут быть блокированы активные центры соответствующих молекул (например, молекул биологической клеточной мембраны при воздействии на них токсикантов). Применение алгоритма проиллюстрировано на примере взаимодействия молекул пентапептида и метионина. Произведены квантово-химические расчеты с помощью программного комплекса GAMESS с использованием полуэмпирического метода PM3. Построены адсорбционные комплексы, образующиеся в результате взаимодействия метионина и пентапептида, среди которых выбраны наиболее устойчивые. Рассчитаны основные энергетические и геометрические характеристики в адсорбционных комплексах. Выделены активные центры данного взаимодействия.
Ключевые слова: математическое моделирование, молекулярное взаимодействие, квантово-химические расчеты, схема взаимодействия, активные центры, квантово-химический программный комплекс, mathematical modeling, molecular interaction, quantum-chemical calculations, interacti